三度目の世界大戦である「第三次世界大戦」が「国家」という枠組みを解体し、「企業」に人々が帰属する時代…。
　　精神力を物理的な力へと変換させる「能力者」達が生まれ始め、人々は彼等をE'S（エス）と呼び、恐怖と憎悪の対象としていた。
　　「アシュラム」と呼ばれる能力者部隊に所属していた少年・戒は、遺棄された巨大人工都市「ガルド」に存在するゲリラへの攻撃中、同じアシュラムのメンバーであり戒の存在を疎んでいる少年・神龍によって攻撃され、負傷しガルドに住む明日香＝篤川に助けられる。
　　その後、アシュラムに帰還しようとするが、アシュラムの放ったイエーガーによる虐殺現場を目撃、アシュラムの行いに疑問を感じアシュラムに戻ることを拒み、襲ってきたイエーガーを撃破した後ガルドにとどまる。